孵化設備運行過程中，要注意觀察機器工作狀態，每 1 ～2 小時觀察一次，并作好記錄，發現異常情況及時處理。尤其注意門表溫度和機器顯示溫度的差值有無較大的變化，若有變化要及時按要求校準。
風門控制很重要，要經常檢查設定位置是否合適，實際位置是否一致。
觀察記錄翻蛋情況，蛋盤是否在左右兩個傾斜位置上交替。
蛋盤推入拉出時必須在水平位置進行。
孵化過程中如果遇到停電時，應將機器的總電源開關關閉，等到來電后再打開機器正常工作。使用發電機組供電時，應注意其輸出電壓的穩定性并觀察各個電機的轉動方向是否正確（在自備發電機和電力線路之間換電時也應如此）；停電中機器不運轉時應將孵化機門打開。
孵化開始后 24 小時～ 96 小時期間、雛雞正在啄殼期間嚴禁用福爾馬林熏蒸消毒。某些市場銷售的消毒劑對濕度探頭有腐蝕，不可在孵化機內使用。
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