當遇到孵化效果不是先期想象的那樣，必須要從孵化機技術、操作管理上找原因，而很少去查找孵化技術以外的因素。在本身孵化過程中，最主要的原因有三種：第一是種雞質量、種蛋管理和孵化條件，第二因素決定孵化蛋質量，是提高孵化率的前提，第三因素就是影響孵化效果的關鍵。
整個孵化期胚胎死亡的分布規律，主要存在著兩個死亡高峰：第一個高峰出現在孵化前期，雞胚在孵化第3-5天，死亡原因是：3~5天正是胚胎生長迅速、形態變化顯著時期，各種胎膜相繼形成而作用尚未完善。胚胎對外界環境的變化是很敏感，稍有不適，便影響一些弱胚的發育，甚至引起死亡。第二個高峰出現在孵化后期，雞胚在孵化第18天以后，原因是此時胚胎從尿囊絨毛膜呼吸過渡到肺呼吸的時期，胚胎生理變化劇烈、需氧量大、自溫劇增，對孵化環境要求高，若通風換氣不良、散熱不好將會進一步加大胚胎死亡。
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